虽然现在社会趋势是男女平权，但在HPV疫苗与认知上，不少家长认为女孩的预防比男孩重要。但事实上病毒的入侵不分男女，男孩一生中感染HPV的机率其实比女孩高，且产生抗体的能力却相对较弱。男性其实也需要施打HPV疫苗预防感染，也能避免未来发生头颈癌、口咽癌等癌症的机会。过去HPV疫苗多被认为与子宫颈癌息息相关，至今都不少人误以为只有女生得到HPV以后会发展为癌症，需要接种疫苗预防。
家长多认为：儿子不用担心HPV感染近5成家长认为女儿有很高风险到HPV感染，只有不到1成家长觉得儿子受到HPV感染的风险很高，比例相差近7倍。另外，3成家长认为女儿得到HPV感染很严重，只有2成觉得儿子感染HPV很严重。超过1/3家长担心女儿得到HPV感染，不到1/5担心儿子感染，显示对女儿担心的比例是儿子的2倍。不仅如此，多数家长对于HPV疫苗仅停留在预防子宫颈癌，不了解也可预防头颈癌和肛门癌等HPV相关癌症。7成6家长知道HPV疫苗可预防「子宫颈癌」，但仅4成家长知道HPV疫苗可预防「头颈癌」；3成5的家长知道HPV疫苗可预防「肛门癌」。也就是说，家长对HPV两性共同防治的认知存在性别差异，蔡丽娟提到，这导致逾半家长认为女儿有必要施打HPV疫苗，却只有不到1/4认为儿子也需要施打HPV疫苗。
特别的是，近年欧美地区，口咽癌正在取代子宫颈癌，成为最常见的HPV相关癌症。包括英国、美国等地，HPV相关口咽癌新增案例数已超越子宫颈癌。
专家呼吁：HPV疫苗不分男女，男孩也应公费接种近年两性平权意识不只在教育、工作，更应顾及「健康平权」，全球迄今已超过4成国家（57个）实施男女两性HPV共同接种计划。除了透过生活型态改变，如安全性行为、戒烟酒、戒槟榔、远离危险因子、女性定期抹片检查之外，依据医嘱接种HPV疫苗也一样重要，「而且不分男女」。
